近年来，在各项政策措施的正确引领下，我国对科技的投入持续增长，科技体制改革也在不断进行创新。与此同时，科研环境也不断发生变化并得到改善，但目前依然存在着较多问题，其中的四个方面已经制约着我国科技发展：
一、项目申请难严重影响我国科研工作的正常开展。在科研立项上开展竞争，让有能力的科研人员获得更多的资源和机会，这是科研体制改革的初衷。可是，过度竞争和竞争机制的不规范，使许多科研人员将时间、精力投入到申请环节，必然影响科研工作的正常开展。不少课题组的负责人表示，为了生存，必须耗费很大精力去争取项目，没有更多的时间去做实验、做研究等。调查数据显示，我国科技工作者每年用于科研的时间，平均低于4个月。而财政支持项目的申请周期相对较长，在3个月以下能够申请成功的较为罕见，一年内可以解决的也只占60％左右。
二、单一的投资渠道大大制约了科研领域的创新。与发达国家相比，目前我国科研经费总量不大，而且渠道单一。在基础研究领域，除了政府的科研计划项目外，只有国家自然科学基金委员会项目。为了使科学研究得到全社会的支持，就要进行科研投入体制的创新。从发达国家的经验来看，大力发展各类民间科研基金会是其中一个重要的渠道。从具体形式来看，在科学基金会的建设方面可以有多重模式：支持基础研究的基金会，资金来源可以立足于社会知名人士、科学家、企业家和慈善人士的捐助等，运行的方式主要是通过基金的利息和红利来进行投入；支持应用性研究和技术开发类研究的基金会，其资金来源除了个人外，还可以吸引企业来捐助，一个企业家完全可以对一项攻克癌症的研究给予支持。
三、狭碍的“小圈子”现象降低了科研的效率。目前国家级的科研项目管理中也存在不少问题，立项和申请往往被部分学术权威或是所谓的“圈内”人把持，“圈外”其他科技工作者很难申请到资金支持力度较大的项目。形成的客观情况就是少数人有较多的科研经费，而大多数人的经费很少。这样的“小圈子”造成了一些长期申请不到课题的研究小组，最终只能放弃或者解散；同时，通过“小圈子”经常能够申请到课题的小组，因为课题申请比较容易，也不会好好珍惜，不好好做课题。长此以往，我国的科研效率必将越来越低。同时，在科研项目申请中，决策的透明、公平和民主化被掩盖，为增加了权钱交易等丑恶现象滋生的可能性。
四、科研力量的分散制约了科技实力的发展。科研环境中的另一个问题是，我们的科研人员不能形成合力。国外很多优秀成果都是很多人形成团队的成果，几十个著名的研究员共同完成。而我们现在三五个研究人员在一起工作就已经很不错了。不同的机构没的课题组难以去联合申请一个课题，而不管这个课题是否需要更多的力量来整合。课题组越来越小，力量越来越分散，影响了一些综合性大课题，不易完成的“硬骨头”项目，长期性项目的完成；具有国际竞争力的研究课题组不多，科研队伍建设亟待加强，直接影响到我国科技的发展。
因此，我们应加快建立与社会主义市场经济体制相适应、符合科技发展规律的科技体制，更大程度地发挥市场配置科技资源的基础性作用，大力发展各类民间科研基金会，建立科学的评审机制，最大限度地激发广大科技工作者和全社会的创新活力，不断的解放和发展科学技术生产力。
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