(一)民办教育存在的问题
1．管理问题
民办教育的管理问题，主要表现在两个层面上。一是国家、地方政府宏观管理失控。目前我国没有一个独立的具有权威性的民办教育管理机构，政府部门与部门之间缺乏协调与沟通，争夺办学审批权、管理权的现象时有发生，造成了民办教育“谁都可以批，谁都可以管又谁都不管”的尴尬局面，令民办学校很难适应。就教育行政内部而言，现在我国对民办教育的管理一般归属于成人教育范畴，在国家教委成人教育司由社会力量办学管理办公室管理，各省市教委仿效国家教委的做法，纷纷在成教处下设社会力量办学管理办公室对民办教育进行管理。实际上，民办教育本身已经渗透到教育的各个领域、各个层次，远远超出了成人教育的范畴，教育行政内部其他主管基础教育、高等教育、职业技术教育的部门也纷纷卷入到民办教育管理之中，因而出现了教育管理职能模糊、重复、低效等问题。
二是有些民办教育内部管理混乱，主要表现为，在招生时，未经批准擅自刊登广告，有的广告言过其实，随便允诺又难以兑现，在社会上造成不良的影响；在财务管理上，有的学校会计、出纳由办学人亲属担任，甚至由办学人自己兼任，由于缺乏制约措施，民办教育中乱收费、高收费、挪用办学经费投资其他产业、侵吞办学经费、损害学校合法权益的事情时有发生。
2．师资问题
民办教育教师队伍的主要来源是离退休教师，以兼职为主。这种教师队伍结构存在着三方面的缺陷，制约着民办教育的进一步发展。其一是队伍老化严重，据吉林省一项调查表明，民办学校中50～60岁的教师占57％，60～70岁的教师占21％，这些教师虽然职称较高，教育教学经验丰富，但毕竟“夕阳无限好，只是近黄昏”，他们往往也缺乏拼搏进取精神和现代教育意识；其二，教师与学生之间年龄差距过大，导致教师与学生，特别是幼儿园、小学阶段学生的生理、心理的巨大差异，这不利于提高教育质量和全面发展学生素质；其三，师资队伍不够稳定，流动性大，导致教育教学工作缺乏稳定性，教师之间缺乏凝聚力、向心力，对学生的教育缺乏长远规划，这不利于教育质量的提高，也不利于学校形成自己的传统，创出自己的特色。
3．经费问题
目前，我国民办教育的经费是靠民办学校自己筹措的，国家并无经费上的支持，其主要来源是学费，接受的赞助或捐赠，学校经营利润等。由于社会对所谓的“贵族学校”比较敏感，政府对民办学校的学费进行控制，同时，法律又规定，个人投资民办教育不能索取回报，而且在学校存续期间属于学校资产，个人不得转移。而在目前经济条件下，接受大规模无偿捐助的可能性很小，因而民办学校普遍感到经费紧张，只能维持教师工资及教育教学日常开支，自我发展的能力差，无法顾及建校及改善办学条件。经费紧张的直接后果就是办学条件差，除发达地区少数民办学校拥有自己的校舍外，绝大多数民办学校租赁民房或企业、学校旧房，有的学校由于经常迁移校址而被戏称为“流动学校”、“游击学校”，这既不利于学校教育教学工作的稳定，也给政府部门的管理、监督带来困难。而且，许多民办学校的图书资料、仪器设备、场地设施等方面达不到国家规定的最低要求。
4．质量问题
对大多数家长而言，他们之所以选择民办学校，其目的是非常明确的，就是希望自己的子女能够升人重点中学、大学，或是学一门实用技术，以为立身之本。迫于学生家长的压力，有的民办学校把教育简化成了纯粹的升学教育，时时刻刻以分数、升学率为准指导学校的一切工作，以迎合家长望子成龙、望女成风的心理；有的民办学校则把教育理解为纯粹的实用技术教育，注重实用技术培训，以迎合某些人凭技术谋取一个好职位的实用主义心态。在这两种错误思想的指导下，加了受场地、条件、设备等因素的影响，部分民办学校大量削减学生的体育、艺术、科技、团队等方面的活动，忽视思想品德、情感、意志等方面的培养，偏离了国家的教育目的和办学宗旨。这个问题不解决，民办教育将陷入应试教育的泥潭之中，容易成为新的应试教育的典型，影响民办教育的健康发展。
(二)民办教育难以发展的原因
(1)政府部门与部门之间缺乏协调与沟通，争夺办学审批权、管理权的现象时有发生，教育行政部门内部机构职能条块分割严重，相互间缺乏共识和合力，政府相关部门缺乏沟通和协调，而行政管理和行政执法软弱。没有建立起强有力的教育行政执法队伍，对非法办学和恶性竞争的处置缺乏有力的措施，没有起到明显的效果。
(2)民办教育在我国还没有得到足够的重视，国家扶持和鼓励民办教育发展的措施还不够有力。虽然各级政府出台了大量的扶持民办教育发展的优惠政策，但总的看来各相关部门和社会各方面的支持力度远远不够。
(3)很多民办高校对民办高等教育发展的规律认识不足，对市场研究不够，在学校发展定位和特色创建上，缺乏明确的思路。一些部门简单认为大多数民办学校以营利为目的，投资办学是一种商业行为，从而对解决民办学校的困难和问题消极怠慢，挫伤了社会力量投资办学的积极性。
(4)民办高校没有办出办学特色和质量优势，创建名牌民办高校的意识薄弱，教学质量难以保证，有的发布假广告，搞虚假承诺，搞恶性竞争等等，这些现象严重影响了民办教育事业的健康发展。
(5)缺乏教师聘任、教育教学、督导评估、固定资产和财务运作、安全管理等方面的制度，相当部分民办学校教师的合法权益得不到切实保障。教师的户口、人事档案管理、养老保险、医疗保险、教龄确认、流动等缺乏统一明确的政策规定，教师的待遇同公办学校教师相比有较大差距。
(6)一些兴办者不懂教育规律，办学思想不端正，存在短期行为，急功近利，不舍得投入改善办学条件，不注重提高办学质量，有片面追求营利的倾向，企图以最小的投入在最短的时间内获得最大的收益，
