自动化工程系是广东水利电力职业技术学院2011年由电力工程系拆分设置的教学部门，目前，开设有电气自动化技术、电子信息工程技术、检测技术三个专业，在校学生500多人。其中电气自动化技术专业于2000年设置并招生，是学院开设最早的专业之一。
自动化工程系现有专任教师10人及教辅人员7人。专任教师副教授或高级工程师以上职称5人，其中教授1人、副教授3人、高级工程师1人；中级职称5人，其中讲师5人，工程师1人（为双职称）；博士1人、硕士研究生6人。专任教师中相当部分人员取得了电工技师资格，具备“双师型”素质。
自动化工程系依据专业教学需要，建设了设备较为完善的专业实训场，有PLC实验室、电力拖动、机床电气、全集成自动化、单片机、传感器、电力电子、现代电子等8个实训场。此外，自动化系与省内行业企业单位建立了多个校外实训基地。
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