马克思主义学院前身为中国人民解放军第一军医大学政治理论教研室，具有近60年的发展历史。2004年8月随学校移交广东省后更名为南方医科大学思想政治理论教研部。2008年7月，成立了广东省高校唯一的马克思主义学院。
学院拥有马克思主义理论一级学科硕士授予权，内设马克思主义研究院、马克思主义原理等6个教研室、思想政治教育等5个研究中心。学院承担的主要任务：一是全校博士生、硕士生、本专科生和成人教育等各层次各专业的思想政治理论课教学与课程建设；二是马克思主义理论学术研究和学科硕士点的建设；三是培养马克思主义理论学科专业硕士研究生。
学院现有专任教师36名，其中正副教授16人，硕士导师11人，具有博、硕士学位的老师达90%。拥有全军和总后优秀教师8人，获全军育才奖金奖2人，银奖3人，南粤优秀教师2人，广东省高校思政课教学指导委员会副主任委员1人，委员1人。广东省高校思政课名教师1人、名教师和骨干教师培养对象各1人，广东省宣传思想战线优秀人才“十百千工程”培养对象3人，校级教学名师4人。有6人次担任广东省马克思主义学会、社会学学会、哲学学会、中共党史学会、精神文明学会、科学社会主义学会副会长、常务理事等学术职务。近5年来，承担和参与国家、军队和省厅级科研课题50余项，教学改革课题18项，获各类科研奖励33项，可支配科研经费100余万元，在《求是》杂志、《哲学研究》 《马克思主义研究》 《党建研究》 《光明日报》等权威和一般刊物上共发表论文300余篇，出版学术理论著作18部。
学院开设的主要课程有：《思想道德修养与法律基础》 《马克思主义基本原理》 《中国近现代史纲要》 《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》《形势与政策》 《医学伦理学》 《自然辩证法概论》 《中国特色社会主义理论与实践研究》 《社会科学方法论》 《马克思主义经典文选选读》 《中国马克思主义与当代》《当代世界政治与经济》等。学院高度重视教学和课程质量建设，拥有1门省级精品课，4门省级优质课程， 5门校级精品课，拥有广东省高校《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》教学研究基地。在2008年广东省思想政治理论建设评估中获得优秀，名列受评院校优秀榜首。
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