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| 序号 | 学院（研究院） | 2016年普通计划 | 2016年少民高层次骨干人才计划 | 备注 |
| 1 | 人文学院 | 34 | 6 | |
| 2 | 新闻传播学院 | 6 | 1 | |
| 3 | 外文学院 | 6 | 1 | |
| 4 | 海外教育学院 | 1 | ||
| 5 | 南洋研究院 | 4 | 1 | |
| 6 | 台湾研究院 | 12 | ||
| 7 | 经济学院 | 48 | 1 | |
| 8 | 管理学院 | 30 | 1 | |
| 9 | 法学院 | 20 | 2 | |
| 10 | 公共事务学院 | 10 | 2 | |
| 11 | 马克思主义学院 | 6 | ||
| 12 | 教育研究院 | 16(含教育博士专业学位计划10名，高等教育协创中心培育计划5名) | 2 | |
| 13 | 王亚南经济研究院 | 8 | ||
| 14 | 财务管理会计研究院 | 3 | ||
| 15 | 知识产权研究院 | 2 | ||
| 16 | 公共政策研究院 | 2 | 1 | |
| 17 | 南海研究院 | 2 | ||
| 18 | 数学科学学院 | 26 | 2 | |
| 19 | 物理与机电工程学院 | 30 | ||
| 20 | 航空航天学院 | 20 | 1 | |
| 21 | 化学化工学院 | 105 | 1 | |
| 22 | 材料学院 | 20 | ||
| 23 | 海洋与地球学院 | 52 | ||
| 24 | 环境与生态学院 | 23 | 1 | |
| 25 | 海洋与海岸带研究院 | 3 | ||
| 26 | 信息科学与技术学院 | 21 | 2 | |
| 27 | 软件学院 | 5 | ||
| 28 | 建筑与土木工程学院 | 3 | ||
| 29 | 能源学院 | 9 | ||
| 30 | 萨本栋微纳米研究院 | 5 | ||
| 31 | 生命科学学院 | 63(含细胞信号网络协创中心培育计划5名) | 1 | |
| 32 | 医学院 | 26(含厦门大学附属医院在职医务人员计划10名) | 1 | |
| 33 | 公共卫生学院 | 17 | ||
| 34 | 药学院 | 12 | ||
| 注：以上博士计划不含对口支援西部地区高校专项计划、定向新疆高校培养博士学历师资计划和国家级2011协同创新中心计划，以上专项计划将于近期公布。实际计划以2016年教育部下达的计划为准。在复试录取阶段，我校将视生源状况等情况对各院系的招生计划做出适当调整。 | ||||
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