刑事诉讼中的专门机关即依照法律规定在刑事诉讼活动中行使法定职权的国家机关，包括人民法院、人民检察院和公安机关。同时依据《刑事诉讼法》第4条、225条的规定，国家安全机关、军队保卫部门和监狱分别对危害国家安全的刑事案件、军队内部发生的刑事案件和监狱内犯罪的刑事案件行使侦查权。此外，自1998年起，国家在各级海关设立走私犯罪侦查部门，所以，海关所属的走私犯罪侦查机构也属于刑事诉讼中的专门机关。
一、人民法院
根据《宪法》第1 23条和《人民法院组织法》的规定，人民法院是国家的审判机关，代表国家独立行使审判权。人民法院的任务是审判刑事、民事和行政案件，并且通过审判活动惩办一切犯罪分子，解决民事、行政纠纷，以保卫人民民主专政制度，维护社会主义全民所有的财产、劳动群众集体所有的财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利，保障社会主义建设事业的顺利进行，并教育公民忠于社会主义祖国，自觉地遵守宪法和法律。
人民法院是刑事诉讼中唯一有权行使审判权和定罪权的专门国家机关，未经人民法院依法判决，对任何人不得确定有罪。
我国的人民法院体系依照《人民法院组织法》的规定由最高人民法院、地方各级人民法院和专门人民法院组成。我国目前的专门人民法院有军事人民法院、铁路运输法院和海事法院(海事法院没有审判刑事案件的审判权)。
二、公安机关
公安机关是国家的治安保卫机关，担负着保卫国家安全和社会治安的任务，是各级人民政府的组成部门，是武装性质的行政执法机关，担负着保卫国家社会治安，维护社会秩序的重要任务。虽然人民法院和人民检察院在性质上属于司法机关，而公安机关属于行政机关，但在刑事诉讼过程中，公安机关与人民法院、人民检察院一样发挥着重要作用。
公安机关的组成部门公安派出所是公安机关的派出机构，履行基层公安机关的部分职责。
公安机关上下级之间是领导与被领导的关系，上级公安机关可以直接指挥和参与下级公安机关的侦查活动，不同地区、不同类型的公安机关之间实行相互配合、协调作战的原则。
根据《刑事诉讼法》第1 8条的规定：刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。所以，公安机关在刑事诉讼中的主要任务是负责刑事案件的侦查(人民检察院、人民法院、军队保卫部门、监狱和走私犯罪侦查机关也承担部分侦查职能)。
在刑事诉讼中，公安机关的主要职权有：
1．立案权
在认为有犯罪事实发生需要追究刑事责任且属于自己的管辖范围时，公安机关有权决定立案。
2．侦查权
在侦查过程中，公安机关可依法讯问犯罪嫌疑人、询问证人，有权进行勘验、检查、搜查，有权扣押物证、书证，冻结存款、汇款，组织鉴定和侦查实验，实施通缉，有权对犯罪嫌疑人采取拘传、取保候审、监视居住等强制措施。对现行犯或重大犯罪嫌疑分子有权先行拘留。对符合条件的犯罪嫌疑人有权申请检察机关批准逮捕，对经人民检察院批准逮捕或人民检察院、人民法院决定逮捕的犯罪嫌疑人进行逮捕。对有证据证明有犯罪事实存在的案件进行预审，对符合法定条件的案件有权作出终结侦查的决定。
3．执行权
公安机关负责对被判处管制、拘役、剥夺政治权利罪犯的执行，缓刑以及假释、暂予监外执行的罪犯，执行期间也由公安机关执行。
