(一)农民工权益维护存在的问题
1．就业限制
以户籍制度为基础形成的城乡二元社会结构使城市劳动力市场被人为地分割为正式市场和非正式市场。绝大多数流动农民只能在非正式市场寻找就业机会，从事的是城市人不愿干的“脏、累、粗”工作。而且随着近年来城市下岗工人的增多，城市就业压力加大，对原来不愿意做的一些工作，现在城市人也开始加入到竞争的行列中来，许多城市，特别是大城市还从保护本地人就业的角度出台了禁止和限制外来人口特别是农村外来人口在某些岗位就业的政策。
2.取得合理劳动报酬的权利遭到侵害
农民工的劳动报酬权屡屡受到用人单位的侵害。主要表现在：一是同工不同酬。农民工虽然从事着与城市人同样的工作，却拿着比城市人低的报酬。二是加班不给加班费或少给加班费。三是被拖欠甚至拒付工资。目前，工资纠纷是侵害农民工权益的最突出表现。据报道，在深圳市受理的劳动争议中，有七成左右是由于拖欠工资引起的。统计显示，全国农民工被拖欠的工资约为1000亿元。
3．社会和医疗保险没有保障
农民工是以工资性收入为主要生活来源的，一旦遭遇风险，就不能再依靠土地来获得保护。但是，在实际生活中只有城镇居民才能享受到养老、医疗、失业、生育和工伤五大保险，外来农民工一般享受不到这种保障。一些用人单位，特别是个体和私营企业要么不给农民工买保险，要么为了应付检查只给少部分农民工投保，要么避重就轻只买一种保险，而回避其他几个险种。四川省总工会在2004年的一次调查中发现，很多企业不愿参加工伤保险，有的即使是高危企业也只是随意购买一些商业意外人身伤害保险应付了事，因此农民工在发生工伤后很难进入工伤社会保险程序。
4．工作和生活环境恶劣，缺乏劳动保护
有的用人单位为了降低生产成本，不改善工作和生活环境，不给农民工配发必要的劳动保护用品，导致农民工职业病发病率较高以及工伤事故频频发生。据四川省总工会对全省农民工劳动安全卫生现状调查显示，2003年，四川工矿企业事故死亡总计983人，农民工占了近一半，并且农民工重伤人数达1660人，这些还只是省内的死亡和重伤人数，跨省农民工的实际伤亡人数情况要远比这严重得多。
5．休息休假的权利往往得不到保证
目前，强迫农民工加班加点的现象较为普遍。据调查，在建筑业中，农民工每天的工作时间大约是10～12个小时，超出国家规定时间，但工资却是按8个小时发放。在有些地方的工厂，农民工每月工作在26天以上，每天平均工作工时在11个小时左右，即使在国家法定节假日也是如此，法律规定的加班时限及报酬亦形同虚设。
6．随意剥夺或减少农民工接受安全教育与培训的权利
部分用工企业为追逐利润的最大化，随意剥夺或减少农民工接受安全教育与培训的权利，以致最终酿成事故和悲剧。
(二)农民工权益维护问题产生的原因
(1)从劳动力市场看，由于我国劳动力将长期处于供大于求的状况，2000年，农村富余劳动力已达两亿人，而且每年还新增劳动力约1000万，其中700万在农村，而这当中每年还会有100万人加入到农民工大军中。因此，城市农民工市场供大于求的现象会长期存在，这就决定了农民工在劳动力市场上的廉价地位。
(2)从社会因素看，劳动力市场雇佣双方的社会地位决定了农民工处于不利的、软弱的境地。由于没有城市户口，农民工普遍默认自己的工资比城市工低，更不敢奢求城市工所享有的住房、医疗、子女受教育等待遇。从雇主一方来看，他们之所以愿意雇用农民工，重要的原因是可以大大降低劳动力的使用成本。
(3)从我国《劳动法》看，一方面现行的《劳动法》在保护农民工权益方面还存在一些盲点，另一方面一些地方政府过分迁就企业主的利益，同时城市有关劳动执法人员时常出现执法不公、执法不严现象，面对农民工权益受损时的行政不作为，使得农民工的合法权益得不到及时和有效的保护。
(4)从农民工自身看，一是农民工在进城务工和择业上，主要依靠“血缘、人缘、地缘”关系，盲目性大，且各自为“工”，失去了参与社会活动的正式组织依托，使他们缺乏利益表达和权益维护的渠道和载体，在权益受到侵犯时，不能借助组织、集体的力量去解决问题。二是农民工普遍缺乏法律知识和维权意识，权益受侵犯不知如何维护。
(5)从社会救助系统看，随着社会保障制度的逐渐确立，城市市民已基本实现了社会保险，而农民工往往不在保险对象之列，低收入的农民工不仅随时可能处在失业状况，而且没有社会救助系统的支持，成了生活在城市中却又享受不到居民权利的无保障人群。
