(一)农村医疗卫生建设存在的问题
一是基层医疗卫生机构亟待扶持。山区县区，长期以来财政医疗资金总量投入较小，加上资金扶持对象过于集中于县区级医疗机构和城区人口相对集中的医疗机构，直接导致乡镇财政无力投入，基层卫生院发展资金短缺，加之经济效益差，外债累积数额逐渐扩大，用于购买医疗器械、培训医务人员和建设基础设施的资金匮乏，严重制约了乡镇卫生院发展。
二是村医的报酬亟待落实。村医承担着村级预防保健和妇幼保健任务，但基本都是无偿服务，还尚有没有工资待遇、未参加养老保险和医疗保险的个体存在。从而导致对村级医疗卫生工作管理难以规范，责任落实难，一些传染病、地方病等防治工作存在较多问题和隐患。
三是医疗卫生队伍整体素质亟待提高。近年来，由于山区县区经济、交通、资源、能源等制约因素，卫生系统新分配或自愿调配至当地的专科以上医务人员较少，医疗专业技术人员年龄结构明显趋于老龄化，后备技术人才断档严重，缺乏高水平、高技术的人员和学科带头人。同时，由于贫困县区的薪金待遇相对偏低，一些当地培养成长起来的优秀医疗人才外流严重，极大制约了当地医疗服务水平的提高。
四是卫生机构建设和设置亟待规范。目前，由于乡镇卫生院建设缺乏科学统一的规划，卫生机构小、多、杂、重复建设、人员闲置，造成了医疗资源闲置和浪费。乡镇卫生院所由于人才、器材匮乏、服务项目少，竞争力较差，加之农民对县区级医疗机构的信任，大多到县区以上医院寻医问诊，导致基层医务人员无所事事、医疗器械闲置、管理瘫痪，从而使基层卫生院本就有限的医疗资源利用率极低，效益较差。
(二)农村医疗卫生建设存在问题的主要原因
(1)政府对农村医疗卫生事业投入不足。农村卫生总费用中政府、社会和个人投入的比重在1991年至2000年间的结构发生了显著变化，政府对农村卫生投入比重由12．54％下降至6．59％，社会投入由6．73％降至3.26％。政府投入下降的直接后果：一是农民个人医疗负担的增加，同期，农民个人直接支付费用从80．73％上升到90．15％；二是农村公共卫生的削弱。政府拨款主要用于医疗，而公共卫生相对较少，对农村的就更少。在政府公共卫生支出的构成中，人员经费呈逐年上涨的趋势，而业务和公务费，公共卫生项目补助呈逐年减少的趋势，很多公共卫生机构只能通过有偿服务进行创收。
(2)缺乏医疗保障的农民在医疗费用居高不下的情况下，医疗服务可及性下降。合作医疗纷纷解体后，绝大多数地区农民没有任何医疗保障，根据三次全国卫生服务调查的数据，绝大部分农村居民自费承担医疗费用(1993年84．1％，1998年87．3％，2003年79％)，2004年新型农村合作医疗在全国全面推广之后，合作医疗的覆盖率上升，较多的农村居民具有一定的医疗保障，在一定程度上缓解了农民的医疗负担，但是和农村居民的医疗需求相比还有很大的差距。随着收入的增加，农民的医疗保健支出也不断上升，其增长速度超出收入的增长速度很多。农民医疗保健支出占收入的比重和占消费支出的比重也都逐年上升。20世纪90年代末，农民收入增长缓慢。而医疗费用则快速上涨，全国卫生服务调查显示，1993年、1998年、2003年的农村平均门诊费用分别为22元、25元和50元，平均住院费用分别为541元、837元和1455元(均为可比价格)。
国际研究表明，由于缺乏医疗保障，发展中国家的医疗价格格外重要，医疗服务价格的上升会降低医疗卫生服务的可及性，尤其是对贫困人群，最终会影响健康状况。在医疗费用上升情况下，农民直接支付费用方式导致农村居民医疗服务的可及性降低。第三次国家卫生服务调查结果显示，我国农村中应住院而没有住院的占30．3％，其中70％是由于经济困难；应就诊而未就诊的比例为45.8％，其中38．2％是由于经济困难。农民未就诊率、未住院率呈逐步上升趋势。收入越低的农民，未就诊率和未住院率的比例越高。
(3)三级医疗转诊体系的打破，导致有限的农村医疗资源效率不高，进一步扭曲农村医疗机构的行为。
在过去的20多年里，中国原有的农村三级医疗转诊体系被逐步打破。虽然农村卫生服务供给规模仍在增加，但效率低下。一方面，更多的患者集中到县及县以上医院，使得这些医疗机构人满为患，而乡镇卫生院和村卫生室所提供的医疗服务不断下降。另一方面，农村医疗机构病源下降，发展受到限制，进一步加强了患者去大医院就诊的倾向，从而增加了农民的医疗负担。农村卫生技术人员所占的比重不断下降，从建国初的近70％下降到2001年的不足40％，县及县以上医院的床位数历年一直在增加，而乡镇卫生院的床位数自80年代以来没有明显的增加。80年代初，卫生院还承担很多的医疗服务，但是到了80年代中期，县及县以上医院所承担的医疗服务超过了卫生院，此后，卫生院的诊疗人次逐年下降，相关研究表明，乡镇卫生院服务的利用率较低，接近70％的乡镇卫生院出现亏损或接近亏损的边缘。
政府投入的不足，医疗条件和医疗人才的缺乏，使得乡镇卫生院的业务收入只能以卖药为主，有研究表明乡镇卫生院药品收入占收入的比重一般在70％～80％，而就诊患者那里的减少，使得乡镇卫生院只能通过不规范的行为从为数不多的患者获得收入，如一些乡镇卫生院不是定位在提供更符合当地农民需求的基本医疗服务和护理，而是定位于提供利润高的新项目、建立特色专科以增加收入，有条件的就竞相引进高科技、高费用的检查设备吸引患者就医，这进一步破坏了原有三级网络的功能，导致更多不必要的医疗费用。
近几年，尤其是2003年非典之后，随着政府对农村发展以及对医疗卫生建设的重视，情况有所好转，但解决农村医疗卫生问题仍有很长的路。而且随着中国社会和经济的发展，农村医疗卫生还面临一些新的挑战。
首先是农村经济发展所带来的一些新情况的影响，例如农村人口流动性增加，艾滋病、非典、禽流感等新发传染病等使农村公共卫生问题更为严重；进城农民工的健康状况基本没有保障，一旦有病一般只能回到农村。再如交通、生产事故导致的意外伤亡的增加也增加了农民的医疗负担，同时也对医疗卫生体系，尤其是急救体系提出了新的要求；又如由于迷信的复燃、家庭空巢、文化生活缺乏等原因造成的精神健康方面的问题也日益突出，如何促进农民的精神健康，不仅是农村医疗卫生的工作和面临的挑战，也是农村精神文明建设的重要任务。
其次是人口老龄化、疾病模式转变等人口特征变化带来的影响。中国已经开始步入老龄化时代，农村老龄人口比重不断上升；同时，随着产业结构的调整，身体健康的青壮年农村人口进城务工，留在农村的更多是需要医疗保健服务比较多的老年人口。农村人口疾病模式变化的重要特点是55％～60％的死亡和疾病原因从传染性、感染性疾病向慢性病的模式转变。与此同时，由于农村居民生活环境、劳动环境和生活习惯的变化，恶性肿瘤、心脑血管病、糖尿病等严重疾病的患病人数在农村也不断增加，成为威胁农民健-康的主要病种。老龄人口和慢性病患者和重大疾病患者是农村最需要医疗保健服务的人群，这部分人口的增加会对农村医疗保障带来财务上的巨大挑战。
