（直博生、延边计划、支教保研计划单列，不含在招生专业目录所公布的各学院拟招生人数中，各学院拟招生人数可到《2016年硕士招生专业目录》中查询，网址：http://yzb.nankai.edu.cn/2585/list.htm 目录内所公布的招生名额标记方式为YaMb：表示按学院公布拟招生人数，拟招收a人，各学院实际接收的推荐免试名额见下表，最终剩余公开招考名额为a减去下表中数字）
| 学院代码 | 学院名称 | 学术型接收数 | 专硕接收数 | 备注 |
| 11 | 陈省身数学研究所 | 6 | ||
| 12 | 数学科学学院（含组合中心） | 48 | 学术型含“组合数学中心”5人。 | |
| 13 | 统计研究院 | 5 | 17 | |
| 21 | 物理科学学院 | 16 | ||
| 25 | 泰达学院 | 4 | ||
| 31 | 电子信息与光学工程学院 | 46 | 1 | |
| 32 | 计算机与控制工程学院（软件学院） | 64 | 4 | |
| 40 | 环境科学与工程学院 | 38 | 1 | 学术型含“格拉斯哥国际合作项目”0人。 |
| 51 | 化学学院 | 120 | 3 | |
| 52 | 材料科学与工程学院 | 20 | ||
| 60 | 生命科学学院 | 55 | 0 | |
| 65 | 药学院 | 8 | 0 | 学术型含“国际生物医药联合研究院”0人。 |
| 70 | 医学院 | 0 | 62 | 专硕含“七年制转段”62人。 |
| 80 | 汉语言文化学院 | 3 | 4 | |
| 91 | 文学院 | 41 | 0 | |
| 93 | 历史学院 | 37 | 1 | |
| 95 | 哲学院 | 13 | ||
| 100 | 外国语学院 | 23 | 0 | |
| 112 | 法学院 | 25 | 5 | |
| 115 | 周恩来政府管理学院 | 48 | 0 | 学术型含“格拉斯哥国际合作项目”0人。 |
| 120 | 马克思主义教育学院 | 2 | ||
| 130 | 金融学院 | 49 | 40 | |
| 131 | 经济学院 | 115 | 0 | 学术型含“格拉斯哥国际合作项目”1人。 |
| 140 | 商学院 | 82 | 0 | |
| 145 | 旅游与服务学院 | 8 | 0 | |
| 160 | 经济与社会发展研究院 | 14 | 6 | |
| 180 | 金融发展研究院 | 8 | ||
| 185 | 国家经济战略研究院与阿拉斯加国际合作项目 | 12 | ||
| 190 | 日本研究院 | 3 |
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